| Finalizada la guerra, se vuelve a organizar el campeonato, no se disputa la Tercera División. Para la próxima temporada va a reducirse la Segunda de 40 a 24 equipos. Al no poder participar el Oviedo temporalmente por tener el campo destruido, se le autoriza a no participar y mantiene la vacante, jugándose una eliminatoria entre los dos descendidos en la última temporada disputada para ocupar la plaza de éste: Jugado en Valencia, 26-11-1939 Atlético Aviación 3 - 1 Atlético Osasuna Desciende a Segunda: Atlético Osasuna Campeón: Atlético Aviación Promoción de Descenso: Celta Descenso a Segunda: Betis Balompié y Racing Club |
| Fase Final: Deportivo |
| Fase Final: Donostia FC |
| Fase Final: Levante UD |
| Fase Final: Murcia CF |
| Fase Final: Cádiz CF |
| Campeón y ascenso a Primera: Murcia CF Promoción de ascenso: Deportivo Promoción de ascenso o permanencia Jugado en Madrid, 15-05-1940 Celta 1 - 0 Deportivo Permanece en Primera: Celta |